Forskjellen mellom SDS Page og Native Page

Nøkkelforskjell - SDS Page vs Native Side
 

SDS og innfødt side er to typer polyakrylamidgelelektroforese teknikker som brukes i molekylærbiologi. De nøkkelforskjell mellom SDS Page og Native Page er typen av polyakrylamidgel som brukes. I SDS-siden benyttes en denaturerende gel, derfor separeres molekylene basert på deres molekylvekt. I motsetning til ikke-denaturerende geler brukes i Native Page. Derfor separeres molekylene basert på deres størrelse, ladning og form.

Polyakrylamidgelelektroforese (Side) bruker en gel laget ved polymerisering av akrylamidmonomerer med metylenbisakrylamid. Polyakrylamidet er tøffere og mer varmestabil enn agarose. Polyakrylamidgelene har en mindre porestørrelse som muliggjør effektiv separering av proteiner. Det er to hovedtyper av sideoppsett, nemlig SDS Page og Native Page. SDS-side eller Natrium-dodecylsulfatpolyakrylamidgelelektroforese separerer proteiner basert på deres molekylvekter. Denaturerende geler brukes i SDS Page. Native Page bruker ikke-denaturerende geler og separerer proteiner basert på størrelse, ladning og form (3D konformasjon).

INNHOLD

1. Oversikt og nøkkelforskjell
2. Hva er SDS-siden
3. Hva er innfødt side
4. Likheter mellom SDS Page og Native Page
5. Side ved side-sammenligning - SDS-side vs Innfødt side i tabellform
6. Sammendrag

Hva er SDS-siden?

SDS Page er den vanligste elektroforetiske teknikken som brukes til å separere proteiner basert på deres molekylvekt. Gelen fremstilles ved å tilsette SDS (Sodium dodecyl sulfate), som er et vaskemiddel. SDS proteser proteiner i monomerer. SDS er et anionisk vaskemiddel. Derfor legger det til en netto negativ ladning til proteinene innenfor et bredt pH-område. Når netto negativ ladning blir overført på proteinmolekylene, på grunn av ladningsvariasjonen, blir de komplekse strukturer brutt ned. På grunn av den negative ladningen tiltrekker proteiner seg mot den positive enden. Dermed går molekyler med lavere molekylvekt raskere på gelmatrisen og kan observeres nær anoden, mens proteiner med høyere molekylvekt observeres nærmere brønnene.

Figur 01: SDS-side

SDS-bindingen til polypeptidkjeden er proporsjonal med dens relative molekylmasse. Derfor kan molekylmassen også bestemmes via SDS Page. Fargingen av SDS Page-geler er utført ved bromfenolblåfarging. Anvendelser av SDS sideområdet i større grad hvor det kan brukes til å estimere den relative molekylmasse og å bestemme den relative overflod av proteiner i en proteinblanding. SDS Page kan også brukes til å bestemme proteinfordelingen i en blanding av proteiner. SDS Page brukes også til å rense og vurdere proteiner. Det brukes som en foreløpig prosedyre for western blotting og hybridisering, som igjen brukes til protein kartlegging og identifikasjon.

Hva er innfødt side?

Native Polyacrylamide gelelektroforese (Native Page) bruker en ikke-denaturerende gel. Derfor blir ikke SDS eller noe annet denatureringsmiddel tilsatt til gelmatrisen. På Native Page er separasjonen av proteiner basert på ladningen og størrelsen på proteinet. Derfor er proteinets mobilitet avhengig av ladningen og størrelsen på proteinet.

Ladningen av proteinet avhenger av sidekjedene av aminosyrene. Hvis sidekjedene er negativt ladet, vil proteinet motta en generell negativ ladning og omvendt. Proteiner beholder en 3D-konformasjon på grunn av foldingen som finner sted. Folding resultater fra de ulike bindingen typer i proteiner som disulfid bindinger, hydrofobe interaksjoner og hydrogenbindinger. Derfor, hvis den opprinnelige siden bæres ved en nøytral pH, blir proteinene separert i henhold til molekylær form av proteinet. Derfor kan Native Page brukes som en sensitiv teknikk for å oppdage forandringen i ladning eller konformasjon av proteinet.

Den viktigste fordelen med innfødt side er at proteinet som brukes til Page-analysen, kan gjenvinnes i sin opprinnelige tilstand etter sidenanalysen, da proteinet ikke forstyrres under prosessen. Native Page er en relativt høy gjennomstrømmingsteknikk, og proteinets stabilitet øker.

Figur 02: Innfødt side

Etter fullføring av gel-kjøringen kan Native Page-gelen sees ved farging med bromfenolblått eller noe annet egnet fargingsreagens. Applikasjonene til innfødt side inkluderer separasjon av sure proteiner, inkludert glykoproteiner, slik som humant rekombinant erytropoietin eller identifikasjon av proteiner tilstede i Bovine Serum Albumin (BSA).

Hva er likhetene mellom SDS Page og Native Page?

• Både SDS Page og Native Page-systemer bruker polyakrylamidgel som matriksen til gelen.
• Begge brukes til separasjon og identifikasjon av proteiner.
• Begge bruker elektroforetisk mobilitet for å skille forbindelsene.
• Begge kan gjøres på en vertikal måte eller horisontal måte (for det meste gjort som vertikale sideoppsett fordi løpelengden er mer).
• Elektroforeseapparatet innbefattende geltanken, kamene, strømforsyningen er nødvendig for driften av begge teknikker.
• Visualiseringen av gelen kan gjøres ved fargemetoder i begge teknikkene.

Hva er forskjellen mellom SDS Page og Native Page?

SDS Page vs Native Page
SDS Page eller Sodium-dodecyl sulfate Page separerer proteiner basert på deres molekylvekt, og den bruker en denaturerende gel.	Native Page bruker ikke-denaturerende geler og separerer proteiner basert på størrelse, ladning og form (3D konformasjon).
Type gel
En denaturerende gel brukes i SDS-side.	En ikke-denaturerende gel brukes på den innledende siden.
Tilstedeværelse av SDS
SDS er til stede som vaskemiddel for å gi negativ ladning på prøven på SDS-siden.	SDS er ikke til stede på den innledende siden.
Separasjonsgrunnlag
Separasjon av proteiner avhenger av molekylvekten av proteinet i SDS-siden.	Separasjon avhenger av størrelsen og formen til proteinmolekylet på den opprinnelige siden.
Stabilitet av proteinet
Stabiliteten av proteinet er lav i SDS-siden.	Stabilitet av protein er høyt på den innfødte siden.
Gjenoppretting av det opprinnelige proteinet
Ikke mulig som denaturert på SDS-siden.	Mulig på den innledende siden.

Sammendrag - SDS Page vs Native Side

SDS Page og Native Page er to typer Polyacrylamide gelelektroforese teknikker som brukes til å separere proteiner. SDS Page behandles med et vaskemiddel som kalles SDS. SDS gir en generell negativ ladning til proteinet, som deretter resulterer i denaturering av proteinet. Derfor separeres proteinene basert på deres molekylvekt. I motsetning henger ikke den innfødte siden teknikken med noen detatureringsmiddel. Dermed er proteinene enten separert basert på deres størrelse eller form. Dette er forskjellen mellom SDS-siden og den innledende siden.

Henvisning:

1. "Prinsippet og metode for polyakrylamidgelelektroforese (SDS-PAGE)." Prinsippet og metoden for polyakrylamidgelelektroforese (SDS-PAGE) | MBL Life Sience-ASIA-. Tilgjengelig her
2. "Native Gels." Alliance Protein Laboratories | Biophysical Characterization Services. Tilgjengelig her  

Bilde Courtesy:

1.SDS-PAGE Electrophoresis'By kontoen på engelsk Wikipedia, (CC BY 3.0) via Commons Wikimedia  
2. Legg en prøve inn i en polyakrylamidgelelektroforesebrunn. Blå Nemec fra Ljubljana, Slovenia (CC BY-SA 2.0) via Commons Wikimedia